Licenciado en Ciencias Políticas y Sociología por la Universidad Complutense de Madrid (1975–1980) y profesor de la Escola de Treball Social de la Universitat de Barcelona.
Entre 1983 y 1986 trabajó en el departamento de servicios sociales del Ajuntament de Palma. Desde 1987 es profesor de política social y servicios sociales, primero en la Escuela Universitaria de Trabajo Social de Navarra (1987–1992), posteriormente en la Universidad Pública de Navarra (1992–2007) y desde 2007 en la Universitat de Barcelona.
Su actividad de investigación aplicada y asesoramiento en el campo de los servicios sociales incluye el apoyo al diseño, seguimiento y evaluación del programa Ingreso Madrileño de Integración (la renta mínima de la Comunidad de Madrid) entre 1990 y 1995; el apoyo al diseño del Ingreso Aragonés de Inserción (1992–94); la evaluación de los servicios sociales de atención primaria y la atención domiciliaria en Navarra y la elaboración de una propuesta para su reordenación (1997–1998); una investigación sobre la exclusión social y el diseño del Plan de Lucha contra la Exclusión a Navarra; los estudios de base per la elaboración del Plan contra la Exclusión y la reforma de la renta mínima de inserciónen Madrid (2000–2001); y actividades de consultoría y asesoramiento técnico por encargo de diversos gobiernos autonómicos, la Diputació de Barcelona y el Banco Interamericano de Desarrollo, entre otros. Ha participado a diversos proyectos de investigación científica sobre políticas sociales, servicios sociales, rentas mínimas e innovación social como WILCO, NURSOPOB e INCLUSIVE.
Es coautor de diversas obres como El salario social sudado (1989), La caña y el pez (1995) Southern European Welfare States. Between Crisis and Reform (1997), Extranjeros en el purgatorio (2003), Reformas de las políticas de bienestar en España (2009), Servicios sociales y cohesión social (2011), Social Vulnerability in European Cities (2014) y Social Innovations in the Urban Context (2016).
En los últimos años ha centrado su actividad de investigación en las transformaciones institucionales de los servicios sociales. Fruto de esta actividad son, entre otras, publicaciones como «Los servicios sociales: las tribulaciones de un sector emergente» (en Luis Moreno (ed.), Reformas de las políticas de bienestar en España 2009); «Los servicios sociales en la tormenta» (en Documentación social 2013); «Retos de los servicios sociales» (en Presupuesto y Gasto Público 2013); «La huella de la beneficencia en los servicios sociales modernos en España» (en Zerbitzuan 2010); «Apuntes para un replanteamiento de los servicios sociales en España» (FOESSA 2014); y «Servicios sociales comparados: entre la beneficencia y la inversión social» (en E del Pino y MJ Rubio (eds.), Los estados de bienestar en la encrucijada, 2016).
Una relación más detallada está disponible en https://www.researchgate.net/profile/Manuel_Aguilar_Hendrickson/contributions